Mga produkto

Iniulat namin kamakailan na ang pyrene nucleotide ay mas gustong ipasok sa tapat ng isang abasic site, ang 3'-T ng isang thymine dimer, at karamihan sa mga hindi nasira na base ng yeast DNA polymerase eta (pol eta).Dahil ang pyrene ay isang nonpolar molecule na walang H-bonding na kakayahan, ang hindi pangkaraniwang mataas na kahusayan ng dPMP insertion ay ibinibigay sa kanyang superior base stacking ability, at binibigyang-diin ang kahalagahan ng base stacking sa pagpili ng mga nucleotides ng pol eta.Upang siyasatin ang papel na ginagampanan ng H-bonding at base pair geometry sa pagpili ng mga nucleotides sa pamamagitan ng pol eta, natukoy namin ang mga kahusayan sa pagpasok ng base-modified nucleotides 2,6-diaminopurine, 2-aminopurine, 6-chloropurine, at inosine na gumawa ng ibang bilang ng H-bond gamit ang template base depende sa base pair geometry.Ang Watson-Crick base pairing ay lumilitaw na gumaganap ng isang mahalagang papel sa pagpili ng nucleotide analogues para sa pagpapasok sa tapat ng C at T bilang ebidensya ng pagbaba sa relatibong kahusayan ng pagpapasok na may pagbaba sa bilang ng Watson-Crick H-bond at pagtaas sa ang bilang ng mga pakikipag-ugnayan ng donor-donor at acceptor-acceptor.Ang selectivity ng nucleotide insertion ay mas malaki sa tapat ng 5'-T kaysa sa 3'-T ng thymine dimer, alinsunod sa nakaraang gawain na nagmumungkahi na ang 5'-T ay hawak nang mas mahigpit kaysa sa 3'-T.Higit pa rito, ang pagpasok ng A sa tapat ng parehong Ts ng dimer ay lumilitaw na pinamagitan ng Watson-Crick base pairing at hindi ng Hoogsteen base pairing batay sa halos magkaparehong insertion efficiencies ng A at 7-deaza-A, na ang huli ay walang H- kakayahan sa pagbubuklod sa N7.Ang mga relatibong kahusayan para sa pagpasok ng mga nucleotide na maaaring bumuo ng Watson-Crick na mga base pairs ay kahanay ng para sa Klenow fragment, samantalang ang Klenow fragment ay mas malakas na nagdidiskrimina laban sa mga hindi pagkakatugma, alinsunod sa mas malaking pagpili ng hugis nito.Binibigyang-diin ng mga resultang ito ang kahalagahan ng H-bonding at Watson-Crick base pair geometry sa pagpili ng mga nucleotides ng parehong pol eta at Klen ow fragment, at ang mas mababang papel ng pagpili ng hugis sa pagpasok ng pol eta dahil sa mas bukas at mas kaunti nito. pinipigilan ang aktibong site.