Mga produkto

Ang pagsusuri ng mga kaganapan sa proteome-wide phosphorylation ay isa pa ring pangunahing hamon sa analitikal dahil sa napakalaking pagiging kumplikado ng mga network ng phosphorylation ng protina.Sa gawaing ito, sinusuri namin ang complementarity ng Lys-N, Lys-C, at trypsin patungkol sa kanilang kakayahang mag-ambag sa pandaigdigang pagsusuri ng phosphoproteome.Ang isang pinong bersyon ng low-pH strong cation exchange ay ginamit upang mahusay na paghiwalayin ang N-terminally acetylated, phosphorylated, at nonmodified peptides.Isang kabuuan ng 5036 nonredundant phosphopeptides ay maaaring makilala sa isang maling rate ng pagtuklas ng <1% mula sa 1 mg ng protina gamit ang isang kumbinasyon ng tatlong enzymes.Ang aming data ay nagsiwalat na ang overlap sa pagitan ng mga set ng data ng phosphopeptide na nabuo na may iba't ibang mga protease ay marginal, samantalang ang overlap sa pagitan ng dalawang magkatulad na nabuong mga set ng data ng tryptic ay natagpuan na hindi bababa sa 4 na beses na mas mataas.Sa ganitong paraan, ang kahanay na paggamit ng Lys-N at trypsin ay nagpapagana ng 72% na pagtaas sa bilang ng mga nakitang phosphopeptides kumpara sa d sa trypsin lamang, samantalang ang isang trypsin na pagkopya ng eksperimento ay humantong lamang sa isang 25% na pagtaas.Kaya, kapag nakatuon lamang sa data ng trypsin at Lys-N, nakilala namin ang 4671 nonredundant phosphopeptides.Ang karagdagang pagsusuri sa mga nakitang site ay nagpakita na ang mga set ng data ng Lys-N at trypsin ay pinayaman sa makabuluhang magkakaibang mga motif ng phosphorylation, na higit na nagpapatunay na ang mga diskarte sa multiprotease ay napakahalaga sa mga pagsusuri sa phosphoproteome.